Игра начинается там же где закончилась первая часть, на дне озера Cragg Lake, где Алекс Кидд находит новый потайной проход и получает первую подсказку. В поисках ответов он отправится на гору «Мiracle summit» где живёт Мудрец-отшельник, который расскажет о потерянном письмо от Короля Грома, в котором говорится о его точном местоположении.

В Miracle World 2 - всего 16 уровней. Игровой процесс ничем не отличается от оригинальной игры. Алекс Кидд также путешествует по враждебному «Миру Чудес», собирает местную валюту и уничтожает врагов с помощью своих мощных ударов.

Сложность в сиквеле тоже достаточно высока и требует не малого мастерства. Игрок должен заранее предвидеть скорость и высоту прыжков Алекса, из за чего для освоения точного управления, требуется хорошая подготовка …

Набор уровней представляют собой очень разные биотопы, такие как скалы, озера, деревни, горы, и прочие участки с шипами, болотами и лавой. Внешний вид многих врагов потерпел некоторые изменения, но их общие функции и способы нападения остались прежними. Новым главным злодеем игры выступает cамоназванный Король Банши, который хочет свергнуть всех остальных королей и самолично править планетой.

Чудо-мир построен из миллионов каменных блоков. Эти блоки бывают разных форм и цветов. Некоторые разрушаемые блоки исчезают с уровня и позволяют Алексу Кидду изменять свое окружение, чтобы свободно перемещаться по уровню, другие элементы представляют собой коробки с различными эффектами, а некоторые содержат полезные предметы как энергетический браслет или дополнительная жизнь …

В игре присутствуют все побочные бонусы из прошлой игры, но несмотря на похожий стиль, в этой части отсутствуют поединки в «Джен, Кен, Пон». Здесь также присутствуют все старые вспомогательные механизмы как мотоцикл и вертолёт. Вместо уровня на моторной лодке, Алекс теперь использует самолёт, который движется гораздо быстрее других транспортных средств. В случае крушения летательного аппарата, Алекс падает в озеро и продолжает свой путь под водой ...

Почти на каждом этапе можно найти немало секретов и бонусов, скрытые под ложными преградами. Во время прохождения Алекс по традиции посетит два больших замка с целой кучей ловушек. В каждом замке есть свои головоломки и альтернативные пути. Как обычно в игре есть два мини босса на пятом и девятом уровне. Битва с главным злодеем Банши происходит на финальном этапе в его замке. Все столкновения с боссами происходят врукопашную, но во время битвы можно использовать любые доступные волшебные предметы, что значительно упрощает игровой процесс …