Августовское обновление: OpenPandemics - COVID-19

13 августа 2020

Резюме

OpenPandemics - COVID-19 запущен в мае, и работа только началась. Узнайте больше о прогрессе ученых на данный момент, а также о сотрудничестве, которое поможет продвинуть исследования в ближайшие недели и месяцы.

Исследовательская группа OpenPandemics

Вверху: Стефано Форли, Паоло Говерна, Андреас Тиллак, Жером Эберхардт

В центре: Джулия Бьянко, Батууджин Бурендей, Диого Сантос-Мартинс, Мартина Маритан

Внизу: Мэтью Холкомб, Кристина Гарза

Щелкните здесь, чтобы узнать больше о команде.

https://www.worldcommunitygrid.org/research/opn1/researchers...

Задний план

OpenPandemics - COVID-19 был создан, чтобы помочь ускорить поиск методов лечения COVID-19. Подробнее о деталях работы можно узнать на сайте исследовательской группы.

https://www.worldcommunitygrid.org/research/opn1/overview.do

https://forlilab.org/opn-update-7-20/

Анализ данных

С момента запуска OpenPandemics - COVID-19 в мае в рамках проекта были проверены миллионы химических соединений, которые могут быть потенциальными средствами лечения болезни. Скрининг все еще продолжается, но исследовательская группа проанализировала полученные к настоящему времени результаты (45,7 миллиона запусков и 2,3 миллиарда поз) и сузила начальную группу примерно до 1500 соединений (0,00003% от общего количества стыкованных лигандов! ), которые были отобраны из-за их взаимодействия с белками-мишенями и требуют дальнейшего анализа.

Из текущей группы из 1500 соединений исследователи проведут ручной анализ, чтобы определить около 100 наиболее многообещающих, которые затем отправят своим сотрудникам для дальнейшего лабораторного тестирования. (Вы можете увидеть список соавторов внизу страницы участников исследования.)

Пока продолжается это тестирование, они будут продолжать анализировать полученные от нас данные и присылать нам новые работы.

https://www.worldcommunitygrid.org/research/opn1/researchers...

Дополнительное сотрудничество

Главный исследователь находится в контакте с командой европейских ученых из Структурной группы по коронавирусу, чтобы помочь улучшить качество результатов всех фундаментальных исследований SARS-CoV-2. Команда собирает и обрабатывает данные о структуре белков вирусов SARS-CoV и SARS-CoV2, которые постоянно производятся исследователями по всему миру. Они уточняют опубликованные данные и выполняют статистическую проверку и диагностику структур для исправления экспериментальных ошибок или колебаний.

Грантовая премия

Лаборатория Форли недавно получила награду Фонда Бакстера для молодых исследователей за определение новых химических соединений в качестве перспективных кандидатов на разработку лекарств.

https://www.scripps.edu/news-and-events/press-room/2020/2020...

Версия GPU

Команда разработчиков World Community Grid начинает создавать рабочие блоки для первоначального альфа-тестирования. Их текущая проблема заключается в создании рабочих единиц, которые могут работать как на CPU, так и на GPU, вместо того, чтобы создавать две разные версии, что усложняет проект. Следующим шагом в рамках IBM будет проверка безопасности новой версии. Работа продолжается, и пока нет оценок, когда она будет завершена.

Возможные публикации

Исследователи работают над несколькими статьями. Один из них - это статья об истории AutoDock (программное обеспечение, на котором работает OpenPandemics, созданное в Scripps Research). Если статья будет принята, она будет опубликована в начале 2021 года.

Они также представили документ, описывающий разработку и применение протоколов для исследования ковалентных ингибиторов (включая протокол реактивного стыковки, используемый в OpenPandemics).

Был представлен еще один документ, в котором описывается их совместная работа с командой Национальной лаборатории Ок-Ридж и NVIDIA по запуску моделирования для выявления новых молекул против вируса SARS-CoV2.

https://www.ornl.gov/

https://www.nvidia.com/en-us/

Текущее состояние рабочих единиц

Доступно для скачивания: 4882 партии

В процессе: 2052 партии (16 101 394 единицы работы)

Выполнено: 5 459 партий (2587 партий за последние 30 дней,

в среднем 86 партий в день)

Предполагаемое отставание: 56 дней

Щелкните здесь, чтобы узнать больше о ежемесячных обновлениях проекта World Community Grid. https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle....

Команда World Community Grid'sFightAIDS @ Home собралась на совещании Центра HIVE

Автор: исследовательская группа FightAIDS @ Home.11 февраля 2020 г.

Исследователи FightAIDS @ Home недавно встретились в Калифорнии, чтобы обсудить свои планы на будущее проекта.

15 и 16 января 2020 года Центр ВИЧ (ВИЧ-взаимодействия в процессе вирусной эволюции) провел свою ежегодную зимнюю встречу лицом к лицу в Ла-Холье, штат Калифорния, в Исследовательском институте Скриппса. Шестьдесят пять ученых, являющихся членами HIVE со всей страны, присутствовали. Этот финансируемый Национальным институтом здравоохранения США центр был основан директором-основателем профессором Артуром Олсоном, который также инициировал проект FightAIDS @ Home (FAAH) по сетке World Community Grid (WCG) в 2005 году. FAAH и WCG играют важную роль в работе Центра, который объединяет их вычислительные исследования с экспериментальными исследованиями вирусологов, молекулярных биологов, структурных биологов и химиков в рамках HIVE.

На собрании было представлено последнее исследование группы FAAH, в которое вошли работы группы Леви из Университета Темпл, а также лаборатории Олсона в Исследовательском институте Скриппса.

Группа Леви описала текущие вычисления, которые они делают, чтобы найти новые лекарственные препараты-кандидаты. Они используют World Community Grid для оценки и ранжирования соединений, которые были ранее идентифицированы путем виртуального скрининга на молекулу капсида и его сборки. Капсид является новой мишенью ВИЧ для разработки лекарств, и эта новая мишень имеет решающее значение в процессе вирусной инфекции.

Группа Олсона описала новые предварительные виртуальные экраны против капсида, которые могут создавать «ингибиторы самоубийства», соединения, химически связанные с целевым белком. В этом подходе используется химия, разработанная для члена HIVE и лауреата Нобелевской премии Барри Шарплса в Scripps. Обсуждались планы запуска новой виртуальной кампании скрининга с использованием этой химии против капсида на FightAIDS @ HOME.

На двухдневной встрече была освещена последняя работа HIVE по пониманию структуры и функции ВИЧ и того, как инфицированные клетки человека взаимодействуют с вирусом в течение его жизненного цикла. Основное внимание в исследовании уделяется пониманию эволюции вируса и его последствий как для разработки лекарственного средства, так и для поиска лекарства от его устранения или полного подавления вируса в организме человека. Была выражена благодарность за важный вклад, который добровольцы World Community Grid внесли в работу Центра ВИЧ.

Рисунок 1. Участники встречи ВИЧ-инфицированных лицом к лицу,

Январь 2020, Ла Холья, Калифорния

Рисунок 2. Группа FAAH на собрании HIVE (слева направо): Рон Леви, Арт Олсон, Джулия Бьянко, АвикБисвас, Нанджи Дэн, Циньфан Сунь, СтефаноФорли.

Хотите принять участие в борьбе с ВИЧ, тогда, Вам сюда:

https://boinc.ru/forum/

https://www.scripps.edu/hive_center/index.html

https://www.worldcommunitygrid.org/research/faah/overview.do

https://ronlevygroup.cst.temple.edu/levygroup_people.html

http://mgl.scripps.edu/projects

Повезло или не повезло, но в разгар безумия с короновирусом, случилась беременность.

Сначала в женской консультации при попытке узнать о записи услышала: «Вы уверены, что беременны? Вы точно хотите сохранять беременность в такое неподходящее время???» Потом, после моего утвердительного ответа, в трубке раздалось раздражённое: «Если нет температуры, кровотечения или ещё чего ненормального, не приходите!» Сказать, что я опешила - ничего не сказать.

Спустя некоторое время ещё несколько раз пыталась попасть в жк, но каждые 6 дней запись автоматически отменялась, о чем меня извещали смс за день до приёма.

И вот ура! Свершилось! Каких-то 10 недель и я у врача!

Как обычно, если возраст женщины не тот, что нравится врачам, они морщатся, 10 раз спрашивают про аборт, начинают перечислять тучу вариантов генетических отклонений и т.д. Особое наслаждение, видимо, доставляет громко и четко повторять «старородящая» при каждом удобном и неудобном случае.

Прослушав всю негативную информацию спокойно (благо это вторая беременность), принялась ожидать направления на первый скрининг. Запись «на год вперёд». В самое нужное время мест не было. Врач решила, что по-раньше (10 недель) - тоже сойдёт.

На узи удивились, что так рано меня прислали на скрининг, но сказали, что с малышом всё гуд по всем показателям. Я довольная сдала кровь и учапала домой.

Через день позвонили из жк и сказали, что скрининг по крови - плохой. Нужно делать НИПТ (генетический анализ крови с точностью 99,9% определения мутаций). Шок! А с виду (на узи) всё хорошо ведь...

Прибежала в жк. Врач невозмутимо заполняла бумажки, отбрыкиваясь от моих вопросов. Так я и не поняла, что именно им не понравилось в показаниях по крови. Потом она сказала: «А ты чего ожидала? Тебе же 38, а мужу 44! Это ж знаешь какие риски? Там такие показатели!» Чего я ожидала? Хотелось, наверное, человеческого отношения - впервую очередь. Не как со скотиной. Понимаю, что женщина (по виду) мне в матери годится,  но тыкать и пренебрежительным тоном команды отдавать - хамство.

На вопрос о том, что сдала анализы пару дней назад, а прийти на следующий приём нужно через 23 дня, позвонят при нехороших результатах? Получила ответ: « Результаты будут через 10 дней. Ни кто звонить не будет.»

В первую беременность в 35 мне повезло. Попался молодой врач. Он был очень внимательным, компетентным, тактичным. Не пугал выкидышем, не стращал генетическими уродствами, не называл старородящей. Если анализы были плохими, звонил и говорил. Не ждал, когда помещаемся прийду.

С одной стороны, как-то спокойно даже при нехорошем скрининге. С другой стороны, где-то глубоко внутри сидят теперь сомненья. Конечно, скрининг не является диагнозом, но на него врачи ориентируются. Зачем?

Интересная фраза в согласии на НИПТ: «Я информирована, что существует вероятность обнаружения случайных находок, которые не связаны с причиной проведения теста.» Это каких, например? На этот вопрос врач ответить не смогла.

Для себя решила, что пусть будет, как будет. Если сам ребёнок выживет, будем растить того, кто родится.

У нескольких знакомых были плохие скрининги, но родились здоровые дети. Есть и те, кто поверил результатам. Однако потом экспертиза показала, что аборты были сделаны ошибочно. Эти женщины, для которых беременность была последним шансом на рождение ребёнка, теперь в трауре много лет.

Ребята, у меня для вас плохие новости: если раньше врачи говорили, что колоноскопию нужно пройти каждому, кому стукнул полтинник, то теперь эту малоприятную процедуру советуют всем, начиная с 45 лет.

Не верьте игривым и туманным текстам от маркетологов частных клиник — колоноскопия не бывает «комфортной», «нежной» или — как там еще формулируют? — «не вызывающей негативных эмоций».

Даже подготовка к колоноскопии чем-то напоминает радикальные советы по похудению: придется несколько дней сидеть на диете и на унитазе попеременно (в списке рекомендаций — жесткие слабительные). Потому, что кишечник должен быть изнутри красивый и чистый, чтобы врачу все было хорошо видно.

В день Икс вас уложат на бок и введут в анальное отверстие эндоскоп, а потом накачают толстую кишку газом, прям как тот длинный воздушный шарик, из которого сворачивают пудельков и цветочки в детском парке. Сворачивать, правда, в нашем случае ничего не будут, и вообще, эндоскописты, наверное, самые деликатные врачи на свете после нейрохирургов. Но не могу врать, даже если решите заплатить побольше, чтобы вам провели колоноскопию «во сне», неприятные ощущения могут настигнуть уже после процедуры: газу-то надо куда-то выходить. Частично его откачают обратно, но с остатками придется разбираться самостоятельно. Будьте морально готовы и не назначайте свиданий в ближайшие несколько часов после выхода из больницы.

Колоноскопия без обезболивания может быть болезненной и еще более психологически дискомфортной (зато дешевле, гораздо дешевле!), однако многое зависит от индивидуальной чувствительности пациента и мастерства доктора. Советую не настраиваться на конкретный вид процедуры заранее, для начала лучше проконсультироваться с врачом, который будет вас обследовать.

И — да, колоноскопия не единственный способ провериться на рак толстой кишки. Есть еще тест на скрытую кровь в кале и так называемая виртуальная колоноскопия: когда вам делают мультиспиральную компьютерную томографию, а изнанка кишечника отображается на мониторе в 3D. Обычная колоноскопия выигрывает потому, что только с эндоскопом в руках врач может сразу же захватить подозрительный вырост на слизистой, отрезать его и отправить на гистологическое исследование. То есть, тест на скрытую кровь и КТ — такие способы отсрочить встречу попы и эндоскопа. Но однажды она все-таки состоится. Смиритесь, если планируете жить долго и счастливо.

Источник: телеграм-канал ШБмнк